A vár felépítése után ezzel a műhellyel emeltette a kor szokása szerint saját és családja számára temetkezési helyül szánt szerzetesi egyházat és kolostort a Mátyás király által olyannyira kedvelt ferences rend szigorú szabályzatú obszerváns ága számára.

A templom építéséről adataink az 1490-es évek első feléből vannak, 1493-ban ötvös, 1494-ben pedig már üvegfestő dolgozik rajta. Elkészülését és felszentelését – titulusa a Boldogságos Szűz volt – erre az időre tehetjük, 1495-96-ban már ide temették először az alapító egyik gyermekét, majd magát az alapítót is. 1492 után az épülő kolostor falai között élt Egervári Bereck tinnini (ma: KNIN – Jugoszlávia) püspök, László unokaöccse, akita török elüldözött székhelyéről. Az 1515-ben vörös márványból elkészített egészalakos sírköve a magyar reneszánsz szobrászat kiemelkedő alkotása, a templombelső egyetlen megmaradt középkori emléke. A kolostor működését 1554-ig lehet nyomon követni, majd a lutheránussá lett egykori kegyurak, a Nádasdyak alatt a kolostor teljesen tönkrement, 1664-ben a török a templomot felgyújtotta, gótikus hálóboltozata ekkor semmisült meg.

Az 1676-ban birtokba lépett új kegyúri család, a Széchenyiek a templomot ideiglenesen helyreállították, az elpusztult boltozat helyett síkfödém készül. Valószínű, hogy ebből az Időből való az orgonakarzat két kora barokk angyalalakja.

A templomot Széchenyi Ignác építtette újjá és alakíttatta át barokk stílusban 1749 és 1757 között. Ekkor kapta a templombelső barokk boltozatát, a máriagyüdi kegy templommal rokon architektúrájú szép cronosztikonos nyugati homlokzatát és a torony a sisakját.

Az átalakítás leginkább a belsőt érintette. Az ekkor készült berendezés rangos darabjai közül a főoltár szobrai nemcsak hazai faszobrászatunk, hanem egész barokk plasztikánk egyik kiemelkedő alkotását jelentik. A tabernaculum-építmény reneszánsz elemeket is tartalmazó felépítményeinek fülkéiben állt Szent Sebestyén és Szent Rókus szobra, ezek ma a Nemzeti Galériában láthatók, itt másolatok helyettesítik.

A háttérépítményen található a barokk átépítés után kapott új titulushoz kapcsolódó főoltárkép: “Szent Katalin megdicsőülése” és az azt keretező szobrok valószínűleg valamivel korábbiak a tabernaculum-építménynél.

A kiemelkedő együttes darabjai még a szószék a négy evangélista mellszobrával, és a Szent Család oltárból megmaradt szoboralakok.

A templom barokkizált külsejét, a nyugati homlokzat kivételével 1970-ben állították vissza későgótikus formájába. A helyreállítás utáni natúr téglakülső – bár vitatható elveiben monumentális hatásúvá emeli az épületet, amelynek nagyméretű nyújtott csúcsíves ablakai az eredeti nyomán készült idomtégla-mérműrekonstrukciókkal az arányos és karcsú támpilléreivel csodálatosan tükrözik az építtető azon igényét, hogy a nemes egyszerűséget hirdető rend minden felesleges dísztől mentes épületén is megmutassa a középkori magyar állam fénykora egyik legjelentősebb családjának hatalmát.